1945年4月30日，希特勒自杀。七天以后，德国投降。物理学家西格瑞（Emilio Segre）的第一个反应是“我们动手得太晚了”。他认为，制造原子弹的惟一目的就是轰炸德国。
西格瑞的想法代表了洛斯·阿拉莫斯实验室大多数科学家的意见。他后来在回忆录中说：“原子弹不能再用来对付纳粹，大家疑虑丛生。这种疑虑在正式报告中是看不出来的。我们在各种私下的场合讨论这个问题。”
5月31日，奥本海默出席了斯汀生组织的内务委员会（Interim Committee）会议。这是一个由政府官员组成的特别机构，目的是为战争部长参赞未来的原子能计划。
斯汀生权势熏天，控制了舆论宣传大权。不过，原子弹是否投向日本这个问题没有结论。事实上，这是一个早已经决定了的问题，决策者是白宫，而不是制造原子弹的科学家们。
战争部长告诉奥本海默和别的科学家，他和内务委员会的其他官员都认为，原子弹“不但是一种新型武器，而且使得人和自然的关系发生了一种革命性变化”，“原子弹是一种科学怪物，可能将人类吞噬”。斯汀生强调，原子弹可以巩固世界和平。原子弹的出现，“从各种角度来看，都远远超越了这场正在进行的战争的需要”。
斯汀生询及原子能的非战争用途时， 奥本海默开始发言。他首先强调，在现在阶段，科学家们最关心的是如何缩短战争。由于原子物理学的基本知识在世界上的广泛传播，他指出，美国最明智的做法是将和平利用原子能的方法和各国共享。“如果我们能够在原子弹真正使用以前将原子能利用的资讯公开，美国的道德力量将会大大加强。”
午餐以后，与会者开始提出对日本投掷原子弹的问题。当时的会议没有正式记录留存。一直到正式会议结束以后， 人们还在讨论原子弹可能造成的效果。有人提出来，投掷一颗原子弹的话，其作用看起来可能和春天以来对日本的大规模轰炸差不多。奥本海默同意这个说法，他补充道：“从视觉效果来说，原子弹爆炸是极具威慑性的。”他说，爆炸将形成一个高亮度的发光体，上升到三千至六千公尺高度。半径一公里以内的生命都有危险威胁。
这次会议上，对于有关投掷原子弹的“所有可能目标和所有可能后果”都做了详尽讨论。战争部长斯汀生将与会者的意见综合为：“……事先不能给日本警告；不能针对平民，但是，必须有尽可能大的杀伤数量以增加精神威慑力量。”
斯汀生说，他赞成哈佛大学校长康纳特（James Conant）的意见：“最理想的目标是一个雇用大量工人的军事工厂，邻近有大量工人住房。”这样，世界上第一颗原子弹轰炸的对象就大致被确定了。
1945年6月16日，“曼哈顿计划”最高层次的科学家们提出一份不长的意见书，名为“对于立即使用核武器的意见”。奥本海默在上面签了名。意见书修改以后送交斯汀生。
意见书分为两点。第一，在使用原子弹以前，华府应当照会英、俄、法、中四国有关原子弹已经存在的事实，并且欢迎四国与美国合作，利用这个武器为契机改善国际关系。第二，科学家们在如何使用原子弹这个问题上并没有取得一致意见。一些直接参与制造原子弹的科学家建议，用一次演习来取代真正的攻击。“建议用纯粹技术性演习取代真正攻击的学者们希望，将使用原子弹的行为定为非法。他们担心，如果美国率先使用了原子弹，在未来的谈判中将受到谴责”。奥本海默知道，他的大多数同事都是主张以演习取代攻击的。但是，他站在另外一边。这一边的主张是，不能放弃“用立即军事攻击来拯救美国人生命的机会”。
1945年春天，太平洋地区血战频仍，日益惨烈。4月6日，美军占领冲绳，日本以最极端手段还以颜色，日本空军组成神风特攻队，以血肉之躯驾驶飞机冲击美国军舰。但是，经过三个月地面战争，日军投降人数高达七千四百名，显示日军内部心理防线开始溃败。
日本政府仍然在抵抗。美军截获的日本密电显示，天皇本人仍然表示“反对投降”。一直到7月事情才有转机。杜鲁门告诉斯大林有“日本天皇要求和平”的消息。问题的焦点在于“无条件投降”的定义。东京希望得到华府的承诺：天皇将不会受到伤害和羞辱。
引起杜鲁门警惕的是，斯大林决定加入对日作战，以迫使日本提早投降。苏联出兵日本本土的时间定在8月15日以前，而美国计划第一波美军在日本登陆的时间最早也在11月1日左右。
1945年初夏，杜鲁门总统得到的建议是，一旦原子弹准备就绪，就用它来提早结束战争，而且要在苏联出兵以前动手。
奥本海默和他所领导的科学家们对此毫无所知，一直到战争结束以后。
1945年的夏天，新墨西哥州异常干旱炎热。奥本海默严厉督促，每个人的工作强度都到了极限。奥本海默在给主持“曼哈顿计划”的戈罗夫斯将军的报告中，要求在正式使用原子弹以前必须进行一次完整的实验。奥本海默说，由于人类在这个领域完全没有具体知识，“不经试验就贸然在敌方国土进行这样一次爆炸是盲目的行为”。
一年以前，奥本海默曾经驾驶一辆四分之三吨的军用货车，在新墨西哥州的南部开了三天三夜，为原子弹的试验找好了一个地方。那片地方位处小城埃拉莫伽多以北七十哩，被西班牙殖民者称为“死人之旅”。军队在那里迁移了一些牧场，开辟出一块十八哩长、二十四哩宽的实验区，建造起一个现场实验室和几百个用于观察原子弹爆炸的地堡。奥本海默把这块地方命名为“三位一体”（Trinity）。
